深圳地铁集团公司办理架构设功能服务板块12个部分、3个业务总部、1个分公司、4个子公司以及1个政府特设组织、7个参（控）股公司和9个非常设组织（专业委员会）。详细如下：
功能服务板块包含12个部分：董事会工作室、集团工作室/内部捍卫部/综合治理工作室、党群工作部/工会工作室、人力资源部、法令业务部、督查审计部、财务部、资本运作部、企业办理部/信息技能中心、技能办理中心、规划开展中心、安全监管中心。
运营板块：资源开发分公司、地铁物业办理开展有限公司、深圳市市政规划研究院有限公司、地铁教育培训中心、深圳地铁前海世界开展有限公司。
7个参（控）股公司： 地铁三号线号线建造分公司合署工作）、深圳市深圳通有限公司、广深港客运专线有限责任公司、厦深铁路广东有限公司、深圳北车轨迹车辆有限公司、深圳地铁工程咨询有限公司、深圳市朗通房地产开发有限公司。
9个非常设组织：董事会下设战略规划开展委员会、提名委员会、薪酬与查核委员会、预算办理委员会、物业开展委员会、危险与审计办理委员会；运营班子会下设投标委员会、技能委员会、安全办理委员会。
公司设置了董事会、监事会、工作室、督查室、地铁工作室、人力资源部、财务部、审计部、运营事业部、安全捍卫部、企业办理部、工程部、方案部、总工办、资料供给部、设备部、工程前期工作部、总务部、工程收尾办等17个部室。
公司设立了运营一公司、运营二公司、机电公司等三个分公司；设立了建安公司、房地产公司、地铁名典置业公司、物业公司、供热公司、广告公司等6个子公司。
公司设置了公司纪委、工会、团委，党委工作室，下设1个党总支，8个党支部。
集团公司下设建造分公司、运营分公司、地铁置业开发有限公司、地铁物资设备有限公司、地铁财物运营有限公司、物业办理有限公司。
西安市地下铁道有限公司包含：团委、机关党委、工程前期协调处、企划处、机关业务办理中心、运营分公司、法规处、土地储备处（中心）、信息档案中心、培训中心、总工办、物业开发处（物业开发公司）、安全质量监督处、机电设备处、合同预决算处、财务处、工程处、技能处、工会、督查室。
